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，不在nerv基地。
葛城美里不知道其中的弯弯绕绕，但她不允许自己带了几个月的孩子被莫名其妙地开了颅。
就在这危急关头，葛城美里给加持良治库库拍消息，却迎来了从seele基地前来的碇唯。
碇唯说：你只管说有人带着萩原研二走了。
你不能拦，你不敢拦。
碇唯原定的计划是，暂且把萩原研二放到组织里短暂地带一带，同时向议会提交法案，一改之前拼命挽留宫野艾莲娜医生的请求，放她回到组织中。
只要两个人能会面，她就能给二人创造逃跑的机会。
然而她来的晚了，只有半天。
为了不让宫野艾莲娜看出组织内部的某项研究与seele相像，组织一咬牙，半路劫走，杀母夺女。
碇唯扑了个空，只能在组织中留着，隐姓埋名换了身份，并不和萩原研二相见。
好消息是，离开seele基地后，萩原研二也不再记得她和相关的人士了。
坏消息是，碇唯既然不能回到基地，葛城美里无论是否按照她的那一套说辞来，排除法也看得出是谁带走了萩原研二。
四年后加持良治归来。
碇源堂不知道从哪得到消息，知道加持良治是内务省的卧底，于是杀了他。
加持良治没有抵抗。
他很累了。
死之前想了很多，比方说自己当年怎么逼死降谷正晃，比方说后来怎么做这“清理工作”
——他同时处理了萩原夫妇，也送走了青天木聪。
走马灯到最后，一双属于半大少年的紫色的眼睛变成了葛城美里投过酒杯看他的紫色眼睛，最后变成大学时彼此的初见。
为什么会变成这样呢。
他就快要死了。
他死去了。
碇唯躲进组织后，再度以研究员的身份得到上级青睐。
偶然听说组织选拔出一批青少年，最后只剩了两个男孩。
说那个女孩可惜了，要是之前不那么拼命，把腿保住就好了。
说来说去，聊那两个男孩的名字。
说本来就看他俩稍微出挑些，还凑在一起——虽然准确来说是一个跟着另一个啦——肯定只剩这两个。
碇唯不动声色，听见萩原研二的名字，放下心来。
但或许是天惠的时刻吧。
她想：萩原研二为什么跟着另一个男孩儿跑？他叫什么？
一旁的同事想了想：
黑泽阵？
碇唯重重地靠在椅背上。
其实没有多重，但相比起她平时的状态，已经可以说是非常大的失态了。
她不懊恼，只一遍遍问自己：他可不可能还记得？就凭一个同音字？可能吗？
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